Музей подводной археологии расположился на территории Дачи Стамболи, на цокольном этаже находится лаборатория для реставрации предметов найденных в водах Черного моря. На первом этаже расположилась экспозиция самой Дачи Стамболи, история которой насчитывает больше века. На втором этаже расположилась выставка подводной археологии.
Сама экспозиция начала свое существование в 2012 году. На данный момент в коллекции музея находиться более 1000 экспонатов, многие из них уникальны.
Музей подводной археологии является частью центра подводных исследований, который в свою очередь организует ежегодные экспедиции. Главное внимание экспедиции привлекает древний затонувший город в Керченском проливе. Экспонаты из этого города значительно пополнили коллекцию музея.
К тому же, центр исследует кораблекрушения, как древних суден, так и современных кораблей и даже подводных лодок, затонувших в восточном регионе Черного моря. Кстати, особое значение в центре придают изучению кораблей затонувших во время Второй мировой войны.